La Academia de Ciencias Físicas, Matemáticas y Naturales fue creada por Ley del Congreso de los Estados Unidos de Venezuela del 19 de junio de 1917; no obstante, los primeros individuos de número fueron nombrados el 19 de junio de 1933.
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El reglamento de la corporación lo promulgó el entonces Ministerio de Instrucción Pública con fecha 23 de noviembre del mismo año de 1933. Desde entonces ha sido dos veces modificado, mediante resoluciones número 3 de 29 de febrero de 1972 y número 418 del 4 de julio de 1986, ambas emanadas del Ministerio de Educación de la República de Venezuela.
La Academia tiene su sede el Palacio de las Academias, un edificio colonial con estilo neogótico ubicado frente al Palacio Federal Legislativo en la capital de Venezuela. La edificación fue originalmente construida en 1586 para albergar a los monjes franciscanos. En 1821 se eliminó el Convento de San Francisco y al edificio se le dio otros usos, entre ellos: sede de la Cámara de Diputados del Congreso Nacional (1840-1845) y segunda sede de la Universidad Central de Venezuela (1856-1953). En 1952 se trasladan al palacio las Academias de Historia, Medicina, Lenguas y Ciencias Físicas, Matemáticas y Naturales y el 6 de abril de 1956 el edificio es declarado Monumento Histórico Nacional.
La Academia de Ciencias Físicas, Matemáticas y Naturales tiene como función principal promover, integrar y difundir el avance del conocimiento científico y tecnológico del país, en el marco de la universalidad del saber. Para ello: contribuirá a la creación de conocimiento científico y tecnológico y velará por su uso en función del bienestar social y el desarrollo sustentable. Estimulará la formación de recursos humanos para la ciencia y la tecnología promoviendo las mejores prácticas de enseñanza de las ciencias. Realizará estudios e informará sobre el avance científico y tecnológico mundial y dentro de este contexto analizará la situación del país. Asesorará en los asuntos de su competencia a entes públicos y privados. Para conseguir estos objetivos la Academia selecciona a sus integrantes en razón de su experiencia y reconocidos logros académicos.
La Academia está integrada por 30 Individuos de Número y por hasta 20 Miembros Correspondientes Nacionales y 30 Miembros Correspondientes Extranjeros, quienes reunidos en sesión plenaria ejercen la máxima autoridad.
Hoy sus individuos de número son:
Vacante / Sillón I
Arnaldo José Gabaldón / Sillón II
Antonio Machado Allison / Sillón III
Claudio Bifano Rizzuti / Sillón IV
Eduardo Buroz Castillo / Sillón V
Roberto Callarotti Fracchia / Sillón VI
Vidal Rodríguez Lemoine / Sillón VII
Carlos Caputo Frauenfelder / Sillón VIII
Wolfgang Scherer Gruber / Sillón IX
María Eugenia Grillet (Electo) / Sillón X
Jorge Mostany (Electo) / Sillón XI
Carlos Machado Allison / Sillón XII
Vacante / Sillón XIII
Benjamín Scharifker Podolsky / Sillón XIV
José Grases Galofré / Sillón XV
Flor Pujol / Sillón XVI
Ignacio L. Iribarren / Sillón XVII
Vacante / Sillón XVIII
Federico Pannier / Sillón XIX
Gioconda Cunto de San Blas / Sillón XX
Mireya Rincón de Goldwasser / Sillón XXI
Margarita Lampo / Sillón XXII
Deanna Marcano / Sillón XXIII
Pedro Cunill Grau / Sillón XXIV
Liliana López / Sillón XXV
Jaime Requena Mandé / Sillón XXVI
Carlos Augusto Di Prisco / Sillón XXVII
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Franco Urbani Patat / Sillón XXVIII
José Luis Paz Rojas / Sillón XXIX
Ismardo Bonalde / Sillón XXX